Otskirt of Hiigara System 一开始母舰将废弃舱抛射，随后制造工程舱（Engineering Module）。一俟工程舱建造完毕就可以研究工程舰的修理和抢救能力了。这时探测器发现三个不同的信号源，并怀疑其中一个是失散了的盟友Bushan-Re的。如果上一关的侦察机还在的话，用它去探测信号源。虽然任务要求是使用导航点轮流探测，但其实只要侦察机接近中间那个就会发现身受重伤的Bushan-Re。把工程舱飞到它旁边，点击工程舰按Crtl-R，或者使用右键弹出菜单选择修理选项。这里需要注意的是工程舰只能一个一个地点，而且要靠近Bushan-Re，否则你只会看到这些愚蠢的家伙试图修理身边完好无损的同伴。修理过程非常漫长，用\键把游戏提高到八倍速会比较好一点。不过在短兵相接的时候如果你没有十成十的把握，使用这个加速键将会因为无暇微操作而使你全军覆没。修理一段时间之后母舰会发现超空间跳跃信号，几艘非敌对的支援舰会赶来。不过不要高兴太早，因为这些是奇袭者的伪装，所以尽可能造多一点ACV放在Bushan-Re身边保护。把这些敌人干掉之后会发现旁边有废弃舱的信号。派工程舰去捡，途中要注意突袭者前来抢夺，所以把大部队全部用来保护工程舰比较好，至于Bushan-Re现在有能力保护自己，用一个工程舰继续修理就行了。拿回来以后可以研究全息投影技术，这是制造拟态舰（Mimic）和MCV的必要技术。拟态舰可以变成敌舰或者小行星，只要对方没有探测器就无法发现。其攻击形式是自杀攻击，而组合之后的MCV则能给予两倍的伤害，并且同样具有迷惑功能。把所有奇袭者消灭之后即可过关。
Corus-Tel System 这一关的任务是要寻找Clee-San。首先研究补燃器，可以使撞击舰（Ramming Frigate）推动大型舰只。这样不但对敌人造成伤害，还可以起到分散敌人强火力的作用。等待一会母舰指示发现敌情，往雷达标示的地方飞就能发现Clee-San。然而敌人的布雷舰布下了感应雷，需要用拟态舰前去引爆——当然如果让普通舰只英勇献身也可以——但必须要有一艘拟态舰到Clee-San的身边。之后部队要保护Clee-San返航，而敌人在路上设下重重埋伏。于是母舰决定制造武器舱（Weapon Module）并随后研究导弹发射器，升级之后的护卫舰可以在补给之后携带两枚导弹。一路上需要小心的就是两颗感应雷，清除之后Clee-San返航，所有人进行超空间跳跃到下一关。由于目前为止还没有什么大型舰只的出现，所以使用机动能力高的护卫舰将是战略首选。日后一段时间里护卫舰和变形成ACV切换的战术将十分犀利，所以不要觉得好玩就按I键卖掉护卫舰造撞击舰玩。个人认为一段时间之内撞击舰实在是没有什么作为。
Deep Space(Tei Sector) 当舰桥传输动力给研究舱时，灾难发生了。下层甲板整个都被炸飞了出去，母舰机舱（Hangar Module）完全损毁，我们不得不重新花钱再造一个。用10艘护卫舰掩护Clee-San，去看看下层甲板的情况——注意！一定要10艘，否则保证你哭都来不及。Clee-San带着10艘护卫舰来到了还有活动迹象的下层甲板旁边，正想要进行资料传输。这时一阵粒子流击中了所有的飞船，母舰立刻和Clee-San及其护卫队失去了联络。为了弄清到底发生了什么事情，母舰开始进行感染源研究。很显然这是一种病毒性自主生物Beast，一种前所未见的异性，任何靠近它的单位都将受到感染并和原来的同胞反目。因为现在那10艘护卫舰正疯狂地向母舰攻击（知道为什么一开始不能多派部队进行保护了吧！），于是母舰决定任何人不得靠近Clee-San的飞船，但是一群通过超空间跳跃追踪而来的奇袭者发现了Clee-San。他们认为这艘研究舰可以让他们更好地跟踪Hiigara人。于是这群蠢货也无一幸免地被粒子流击中了。更糟糕的是他们带来的都是一些离子炮舰之类的强火力。无奈之下母舰只好放弃小型飞船，进行紧急跳跃。
